La chiesa di S.Sebastiano fu costruita per volere del cardinale Annibaldo IV De Ceccano, dopo avere ottenuto la licenza dal Papa ClementeVI nel 1346. Nel suo testamento,redatto nel 1348 dal notaio Raynaldo Giovanni Bianco di S. Stefano (oggi Villa Santo Stefano), il cardinale dispose che  la chiesa fosse edificata sulla proprietà del fratello Giovanni a cui lasciò cinquemila fiorini d'oro come rimborso e che fosse lasciata ai frati Minori. La chiesa venne quindi presa in custodia dai frati, ma le lotte che scoppiarono in tutta la contea dei De Ceccano portarono al disfacimento dell'edificio. La situazione fu ulteriormente acuita dall'abbandono di questo da parte dei conventuali. Solo nel 1523,con l'avvento dei Colonna conti di Ceccano, la chiesa fu riattivata.Verso la fine del XVI secolo i frati minori fecero ritorno in Ceccano, ma ancora nel 1652 questi furono costretti ad abbandonare il convento; il Papa Innocenzo X aveva infatti emanato la costituzione "Instaurandae regularis disciplinae" con la quale ordinava la soppressione dei piccoli conventi. Nel 1653 l 'edificio fu affidato alla cura della chiesa di S.Giovanni Battista,con un atto del notaio Ambrosius De Ambrosij. Nel 1726 venne fondata la "Congregazione di fratelli e sorelle della Beata Vergine Maria". A partire dal 1868 la chiesa fu affidata alla cura delle sorelle Touret, conosciute come sorelle di carità,queste avviarono l'opera di totale restaurazione della chiesa, ma con il loro abbandono la chiesa cadde in una fase di degrado. Solo nel 1980 la Confraternita del SS.mo Sacramento e del Rosario, riaprì la chiesa con una solenne cerimonia.